Karakterisasi Molekular Protein Struktural Virus Chikungunya Dari Kasus Kejadian Luar Biasa di Indonesia

Abstract

Abstrak

Tingginya frekuensi Kejadian Luar Biasa (KLB) dan prevalensi infeksi virus chikungunya (CHIKV) di
Indonesia mendorong diperlukannya studi molekuler CHIKV. Tujuan penelitian ini untuk mendapatkan data
karakteristik molekuler CHIKV yang bersirkulasi di Indonesia. Pada penelitian ini telah dilakukan analisis
molekuler protein struktural CHIKV KLB 2012-2014 dari 8 provinsi di Indonesia. Didapatkan hasil perhitungan
jarak terjauh di antara sampel yang dianalisis yaitu CH14_096 dengan nilai 0,0222 pada nukleotida dan 0,0438
di asam aminonya. Homologi nukleotida gen E1 ditemukan berkisar 97,8% --100% dan 95,9%--100% untuk
asam aminonya. Diperoleh sekuens nukleotida dari gen parsial E1 yang mempunyai kemampuan setara dengan
E1 utuh sebagai dasar analisis filogenetik. Dari 19 strain CHIKV penyebab KLB di Indonesia tahun 2012–2014
yang berhasil dianalisis, seluruhnya genotipe Asian, namun tidak ditemukan pola sebaran spesifik CHIKV di
Indonesia baik per wilayah maupun per tahun dari sampel penelitian.

Abstrct

The high frequency of the outbreaks and the high of chikungunya virus (CHIKV) infection in Indonesia
are urgently needed the viral molecular study. The purpose of this research to obtain data molecular
characteristics CHIKV circulating in Indonesia. In this study, we conducted molecular analysis of structural
protein of CHIKV from the outbreaks in 2012-2014 outbreaks in 8 provinces in Indonesia. Calculation result of
the farthest distance between the analyzed samples (CH14_096) worth 0.0222 for nucleotide and 0.0438 for
amino acid. Meanwhile, the nucleotide homology of E1 gene was found ranging from 97.8%- 100% and 95.6% -
100% for the amino acid. Obtained partial nucleotide sequences of the genes that have the ability E1 equivalent
towhole E1 as the basis for phylogenetic analysis. Of the 19 strains of CHIKVcauses of outbreaks in Indonesia
in 2012-2014 were successfully analyzed, all genotypes Asian, but had no specific distribution pattern of CHIKV
in Indonesia both per region and per year of the study sample

Keywords: Chikungunya, Outbreaks, Genotype